Началом возрождения Православия в республике следует считать 1983 г., когда благодаря усилиям верующих г. Якутска Совет по делам религии при Совете Министров СССР принял решение о регистрации прихода в г. Якутске. Им стал первый молитвенный дом во имя святителя Николая Чудотворца. Затем появились молитвенные дома в городах Олёкминске и Нерюнгри.
Решением Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Синода Русской Православной Церкви от 23 февраля 1993 г. Якутско-Вилюйская епархия была восстановлена, и её первым епископом стал Преосвященный Герман (Моралин).
Владыка Герман вспоминает о начале своего служения: «Мы поехали в скромную деревянную церковь на ул. Ушакова. Я обрадовался тому, что есть храм, хотя он был, конечно, очень бедный и запущенный – скромные иконки, отсутствие иконостаса, бедные облачения. Но я был утешен тем, что вошёл в алтарь: престол есть, принадлежности для совершения Литургии есть, несколько человек певчих стояли на клиросе, священник начал совершать службу. А вечером в этот же день я уже сам приступил к богослужению. Служить стал ежедневно утром и вечером...»
В церковной лавочке не было никаких духовных книг, на руки выдавали по две свечки, даже крестиков для крещения не было. На первое время в помощь Владыке Святейший дал трёх монахов из Троице-Сергиевой Лавры и диакона из Данилова монастыря. Они потрудились у нас два-три месяца. А потом к нему в Якутск стали приезжать люди из других городов, посёлков республики, начали звонить, писать, говорить, что тоже хотят иметь у себя храмы, ждут приезда епископа, хотят организовать общины. Это было трудно, ведь в конце 1993 – начале 1994 года в Якутской епархии был всего один священнослужитель – епископ Герман. Владыка вспоминает: «Я служил практически в одном лице – был и за епископа, и за священника, и за диакона, и за завхоза, сам пел, сам читал, сам убирался в алтаре». Тем не менее, он сразу же начал путешествовать по епархии. Совершал богослужения, крестил, встречался с людьми, создал епархиальное управление, организовал архиерейский хор.
14 сентября 1993 г. состоялся визит в Якутск Патриарха Московского и всея Руси Алексия II по пути на Аляску. А в июле 1996 г. Святейший побывал в столице алмазного края г. Мирный, где освятил памятную плиту, которую заложили в основание храма, фабрику в Айхале и посетил храм в Удачном. Это было огромным событием для сотен верующих по всей епархии. Теперь Предстоятеля РПЦ ждут в Якутии уже тысячи православных христиан.
В 2000 г. Владыка Герман создал, катехизаторский, молодёжный, социальный и военный отделы. А 19 августа 2001 г. начал свою работу миссионерский отдел. Епископ Якутский и Ленский тщательно подбирал себе соратников, стараясь рукополагать большей частью тех людей, которые или родились, или уже давно жили в Якутии, в которых видел веру, ревность о Господе, любовь к ближним и желание служить Богу и людям. Большинство из них получало духовное образование параллельно со служением. Владыка находил средства на миссионерские поездки, вникал во все трудности, возникающие в разных улусах Якутии, расспрашивая пастырей о подробностях их путешествий и общения с людьми.
Постепенно под руководством епископа Германа начали возводиться и восстанавливаться храмы – в Якутске, Нерюнгри, Мирном, Алдане… За одиннадцать с половиной лет его служения, благодаря поддержке президента, правительства, АК «АЛРОСА» и других предприятий открылось 24 храма и молитвенных дома, было начато строительство новых церквей, создано 50 приходов.
В 1996 г. в республике открылся первый женский (и пока единственный) Покровский монастырь, в котором сегодня подвизаются 4 монахини, 7 инокинь, 6 послушниц во главе с настоятельницей игуменией Архелаей (Бияновой).
Большое значение архиепископ Герман придавал распространению Слова Божия на якутском языке. Он открыл курсы якутского языка для священнослужителей. На службах стали произносить отдельные молитвы и возгласы по-якутски, а по мере того, как на современный якутский язык переводился Новый Завет, в храмах по-якутски всё чаще читались Евангелие и Апостол.
Владыка возглавил деятельность коллектива, осуществляющего якутский проект Института перевода Библии. Как сказал литературный редактор нового перевода Евангелия, народный писатель Якутии Дмитрий Кононович Сивцев – Суорун Омоллоон: «Новые переводчики прошли по мосту, построенному первопроходцами – отцами-подвижниками, и, переняв традицию бережного отношения к тексту, продолжили путь». Почти двенадцатилетняя работа переводчиков М.Е.Алексеевой, А.Е.Шапошниковой, богословского редактора Саргыланы Леонтьевой, филологического редактора, доктора филологических наук Н.Н.Ефремова, и наконец, самого Суорун Омоллоона, согласившегося работать над переводом по личной просьбе архиепископа Германа, завершилась в конце 2004 г. изданием в Москве прекрасно оформленной книги, снабжённой комментариями.
В августе 2004 г. архиепископ Герман уехал из полюбившегося края, чтобы возглавить Курскую и Рыльскую кафедру.