Однако в начале XX в. в Якутию из России вместе с ссыльными стали проникать новые веяния. К началу революции 1917 г. население области в своём большинстве было православным, хотя и сохраняло народные традиции и обряды, но атеистические и антицерковные настроения и идеи проникали в народ и распространялись, особенно в среде якутской и русской интеллигенции.
После Октябрьской революции в результате широкой атеистической работы в республике было разрушено практически всё, что с таким трудом насадили православные миссионеры и священники. Все храмы и духовные учебные заведения были ликвидированы. В 1939 г. в Якутске закрыли последний православный храм на северо-востоке России – Николаевскую церковь.
Но никогда в Якутии не было такого большого количества священников и архиереев, как в годы репрессий. Сюда ссылали за веру исповедников Христовых, ни количества, ни имён которых мы сегодня не знаем в полноте. Республика стала Голгофой для сотен священнослужителей и мирян-исповедников. Как говорит епископ Якутский и Ленский Зосима, «Колыма – антиминс России. Здесь вся земля пропитана кровью новомучеников».
В 1970-х годах в ЯАССР официально верующих насчитывалось всего около 200 человек. Внешняя духовная жизнь в республике, казалось, окончательно умерла.