Вторым епископом Якутской епархии в 1883 г. стал также незаурядный человек – Иаков (Домский), прослуживший в Якутске до самой смерти. Он согласился принять архиерейскую кафедру в 60-летнем возрасте. Оставив заслуженную, покойную монастырскую жизнь в центре России, преосвященный Иаков сумел развернуть колоссальную деятельность в суровом северном крае.
Он добился открытия в Якутске новой семинарии, миссионерской школы с пансионом при Спасском монастыре, женского епархиального училища, готовившего учительниц для сельских приходских школ. Значительно расширилась и сеть церковно-приходских школ. Епископ Иаков продолжил деятельность по переводу и изданию церковной литературы на якутском языке. В конце 80-х – начале 90-х годов вышло в свет более 40 книг богослужебного, нравственного и учебного содержания, в том числе труды протоиерея Димитриана Попова, одного из создателей словаря якутского языка. Многие годы о.Димитриан записывал якутские слова, пословицы, сказки, которые безвозмездно передал ссыльному студенту Эдуарду Пекарскому.
Трудами епископа Иакова начала выходить первая газета «Якутские епархиальные ведомости». В начале 1886 г. по его ходатайству перед губернатором в Якутске была открыта первая городская публичная библиотека-читальня, он организовал работу по сбору для неё книг и пожертвовал личные средства на подписку и приобретение литературы, а также выплату жалования библиотекарю.
Преосвященный епископ Иаков скончался 27 мая (9 июня, по н.с.) 1889 г. и был погребён в Вознесенской деревянной церкви Спасского монастыря. В 1917 г. она сгорела до основания.
14 декабря 1999 г. при проведении земляных работ мощи Владыки Иакова были обретены нетленными и перенесены в Никольский храм, где и покоятся ныне. Удивительно, но и через 110 лет после захоронения, хотя крышка гроба была повреждена, тело его полностью сохранилось. Целыми оказались даже одежда, Евангелие, крест и записочка с разрешительной молитвой, в которой было вписано имя священника, отпевавшего епископа. Причём вечная мерзлота никак не могла способствовать консервации, поскольку гроб с телом Владыки находился под полом отапливаемого помещения и был зарыт неглубоко, а значит, всё это время он то оттаивал, то снова замерзал.
12 декабря 2009 г. Владыка Зосима с духовенством города совершили переоблачение мощей епископа Иакова (Домского), первого архиерея, похороненного в Якутии.
Епископы-подвижники Дионисий и Иаков пока не прославлены нашей Церковью, а вот их последователь епископ Мелетий (Якимов) 15 июня 2003 г. был причислен к лику местночтимых святых Якутской и Рязанской епархий.
Святитель получил назначение на Якутскую кафедру в 1889 году. Как только установилась зимняя дорога, он начал знакомство со своей епархией, преодолевая по несколько тысяч вёрст на лошадях, собаках и оленях. Епископ Мелетий заботился о постройке храмов и часовен, находя для этого благотворителей. В течение пяти лет им было освящено 14 новых церквей. Он учредил в Якутске церковное братство во имя Христа Спасителя. В 1892 г. для женского епархиального училища им было построено новое здание с домовой церковью св. мц. Веры, Надежды, Любови и Софии. При участии епископа в Якутске открылся областной музей.
Особо Владыку волновала судьба прокажённых, живущих в далёкой тайге изолированно ото всех. В российских газетах появились статьи, в которых сердобольный архипастырь яркими красками описывал судьбу несчастных страдальцев. Его стараниями при колонии прокажённых под Вилюйском была построена церковь во имя св. вмц. Пантелеимона. Владыка лично доставил прокажённым икону целителя Пантелеимона, освящённую на его святых мощах и привезённую с Афона.
Во время служения святителя Мелетия в Якутии неоднократно были замечены случаи благодатной помощи Божией и исцелений по его молитвам и благословению.