27 августа 1852 г. по определению Святейшего Синода Якутская область отошла к Камчатской епархии, возглавлял которую известный архиепископ, просветитель народов Аляски, Америки и Камчатки - Иннокентий (Вениаминов). С его именем связан качественно новый подход к христианизации народов Якутии. Владыка перенёс свою архиерейскую кафедру в г. Якутск. В сентябре 1853 г. он поселился в Спасском монастыре и стал его настоятелем.
На новом месте святитель предпринимает поистине титаническую деятельность. Он созидает новыехрамы, открывает и благоустраивает приходы, занимается призрением сирот, создаёт церковно-приходские школы. В 1858 г. переводит в Якутск из Новоархангельска духовную семинарию, ректором которой становится протоиерей Димитрий Хитров. Семинария, правда, просуществовала только до 1874 г., когда по указу Святейшего Синода была переведена в г. Благовещенск, но воспитала целое поколение молодых и ревностных священников-миссионеров.
Святитель Иннокентий создал и возглавил комитет по переводу священных и богослужебных книг на языки народов Якутии, результатом деятельности которого стало издание на якутском языке «Священного Евангелия», «Апостола с книгою Бытия», «Божественной Литургии святого Иоанна Златоуста» и др.
19 июля 1859 г. в Троицком кафедральном соборе впервые состоялась Божественная литургия на якутском языке. Евангелие на якутском языке читал сам святитель Иннокентий. Один из очевидцев записал: «С раннего утра толпы народа спешили к соборной церкви, которая едва ли когда вмещала столько молящихся, как в тот день. Тут были и якуты, были и русские, большая часть которых знает якутский язык не хуже туземцев… Первые звуки якутского языка, на котором отправлялось решительно всё богослужение, казались удивительными для самих якутов... Якутов до того тронуло это событие, что родоначальники их от лица всех своих собратий представили Владыке Иннокентию покорнейшую просьбу, чтобы 19 июля навсегда было днем праздничным, потому что в этот день они в первый раз услышали Божественное слово в храме на своём родном языке».
В январе 1858 г. указом Святейшего Синода кафедра правящего архиерея Камчатской, Курильской и Алеутской епархии была перенесена в г. Благовещенск-на-Амуре. В Якутске и в Новоархангельске (Аляска) были созданы викариатства.