Оживление миссионерской деятельности в Сибири начинается с назначением на митрополичью кафедру в Тобольске Филофея (Лещинского) (1702-1711; 1715-1721). В 1705 г. он посылает архимандрита Мартиниана «на заморские реки для проповеди слова Божия и исполнения церковных потреб». Однако значительная отдаленность Якутского уезда от Тобольска, а главное, суровый климат очень затрудняли миссионерскую работу. Поэтому в 1725 г. Святейший Синод принял решение об открытии при Тобольской епархии Иркутского викариатства, в состав которого с 1731 г. вошли якутские церкви.
Теперь процесс христианизации местных народов пошёл быстрее, тем более что иркутские святители стали посещать якутскую паству. В 1735 г. Якутск впервые увидел у себя архиерея, иркутского епископа Иннокентия II (Неруновича). Во второй свой приезд Владыка Иннокентий жил в якутском крае с 1741 по 1744 г. и успел сделать многое – направлял миссионеров, строил и освящал церкви, крестил инородцев.
Преосвященный Иннокентий в инструкции назначенному в Якутск архимандриту Нафанаилу рекомендовал обучать грамоте детей местного духовенства. И уже в первой школе, открытой им в 1734 г., кроме трёх сыновей священников и причетников обучалось 6 мальчиков из новокрещеных якутов. В 40-х гг. XVIII в. в Якутии начали работать походные передвижные церковные школы.
Для улучшения миссионерской работы в 1764 г. Синодом была учреждена для Якутского края особая должность «веропроводника», которую занимали сначала священник Григорий Ноговоцын, затем его брат о.Гавриил – ревностные и неутомимые проповедники Слова Божия.
В этот период наряду с умножением числа новокрещённых появляются новые приходы и церкви, причём всё чаще они возводятся по просьбе, а порой и на средства местного населения. К концу XVIII в. в Якутском крае значится, кроме Спасского монастыря, 15 церквей. «Христианство уже не делается чуждым и враждебным… новое поколение, родившееся от христиан родителей, уже значительно свыклось с ним… вообще заметна значительная «христианизация», – пишет историк Г.Попов.
Однако общая бедность населения и кочевой образ жизни не способствовали быстрому появлению приходов. Согласно Экстракту «о числе церквей Якутского заказа и приписанного к ним населения» за 1806 г., в крае действовало всего 19 храмов, 5 из них – в Якутске. Священники были вынуждены обслуживать огромные районы с большим количеством жителей, проезжая иногда по 300 – 700 вёрст.
1 января 1801 г. на основании указа императора Павла I архимандритом Нифонтом при Спасском монастыре была учреждена духовная школа, которая должна была, по мнению Синода, послужить «к образованию и утверждению тамошних народов в законе христианском» чрез «обучение христианскому закону якутского юношества». Преподавались русская грамматика, чтение, писание, катехизис, священная история и краткое нравственное наставление «о должностях верноподданного». Предполагается, что эта школа существовала непрерывно до открытия духовного училища в 1819 г. Из 30 первых её учеников 20 были якуты. В 1818 г. она была преобразована в Якутское духовное училище.
Православные священники не только создают школы, способствуют распространению грамотности, занимаются просвещением, но и предпринимают попытки создания якутского алфавита и перевода духовной литературы на язык, не имевший письменности. В 1812 г. в Иркутске была издана первая религиозная книга на якутском языке «Молитвы. Символ веры и заповеди Божьи: начатки вероучения». В 1819 г. Георгий Попов, священник Олёкминской Спасской церкви впервые составил якутский алфавит на русской основе и опубликовал в книжке «Сокращенный катехизис для обучения юношества православному закону христианскому, переведённый на якутский язык, с приложением впереди таблицы для складов и чтения гражданской печати». Через двадцать лет при ходатайстве архиепископа Нила (Исааковича), архиепископа Иркутского, Нерчинского и Якутского были изданы «Краткий катехизис» и Евангелия от Матфея в переводе священника Михаила Охлопкова.
В 1838 г. с назначением на иркутскую кафедру преосвященного Нила начинается новое оживление миссионерской деятельности. В 1844 г. по его представлению Святейший Синод благословил учреждение в Якутской области двух походных храмов для удобства крещения и обслуживания коренных жителей в отдалённых северных округах. Были сооружены специальные тележки, на которых разместились Николаевская и Благовещенская походные церкви. Одну из них возглавил тогда молодой священник Димитрий Хитров. Он вспоминал: «По нескольку месяцев кряду мы ночевали на снегу под открытым небом при трескучих полярных морозах, отчего некоторые из нас – священников – преждевременно сходили в могилу, другие, страдая несколько лет от цинги, до конца расстроили свое здоровье».