Исполнительно-распорядительным органом епархии, находящимся под непосредственным руководством епархиального архиерея, является Епархиальное управление, которое имеет свою канцелярию, бухгалтерию, архив и иные вспомогательные отделы, обеспечивающие разнообразные виды епархиальной деятельности.
Секретарь Якутского Епархиального управления — иеромонах Никандр (Горбатюк).
В настоящее время Якутская епархия насчитывает храмов и молитвенных помещений – 115, часовен – 30
Приходы объединены в 10 благочиний: Городское, Мирнинское, Вилюйское, Алданское, 1-ое Центральное, 2-ое Центральное, Покровское, Нерюнгринское, Ленское, Северное.
В епархии действует 3 монастыря:2 мужских и 1 женский.
Общее колчество храмов и часовен в Якутской епархии – 145
В частности, из них:
приходских храмов – 76
монастырских храмов – 4
молитвенных помещений – 35
часовен – 30
Параллельно идет процесс организации новых приходов. В благочиннических округах идет строительство новых и восстановление порушенных храмов.
На сегодняшний день в Якутской епархии совершают служение 58 человек, из них священников — 54, диаконов — 4.